La COEECI cuenta con un Consejo Directivo (CD), conformado por ocho instituciones (ENIEXs) miembros, que la administra, la dirige y que tiene las facultades necesarias para su administración dentro de su objeto social con excepción de los asuntos que la ley o el estatuto atribuyen a la Asamblea General de Asociados. Actualmente, el Consejo Directivo, correspondiente al período 2010-2011, está conformado como sigue:

Presidencia
Luis Vargas Casas
INTERMON OXFAM

Vicepresidencia
Eduardo Contreras
LUTHERAN WORLD RELIEF

Secretaría
Pierre Rouschop
AIDE AU DEVELOPPEMENT GEMBLOUX – ADG

Tesorería
María Esther Zevallos León
ASOCIACIÓN SOLIDARIDAD PAISES EMERGENTES – ASPEm

Vocal
Elvira Raffo
IBIS

Vocal
Teresa Carpio Villegas
SAVE THE CHILDREN

Vocal
Patricia Camacho Mantilla
INTERCOOPERATION FUNDACIÓN SUIZA PARA EL DESARROLLO Y LA COOPERACIÓN INTERNACIONAL

Vocal
Rocío Palomino
DIAKONÍA

Representación legal
Esta recae sobre la Presidencia del Consejo Directivo la que está encargada de formalizar y ejecutar los acuerdos de la Asamblea General de Asociados (plenarias y/o extraordinarias) y los del Consejo Directivo de la COEECI.

Domicilio Legal
El domicilio de la COEECI es la ciudad de Lima, su ámbito de acción es todo el territorio nacional y podrá establecer oficinas, filiales y dependencias en cualquier otro lugar de la República del Perú